Bảo tàng quốc gia, Kraków được thành lập ngày 7 tháng 10 năm 1879 theo nghị định của Chính quyền địa phương ở Kraków sau hai năm khôi phục Hội trường vải Kraków (Cloth Hall) dưới sự hướng dẫn chỉ đạo của Thị trưởng Mikołaj Zyblikiewicz. Tại buổi lễ ngày 3 tháng 10 năm 1879 đã thông báo rằng nghệ sĩ Henryk Siemiradzki đã trao bức tranh lớn của mình có tên gọi Những ngọn đuốc của Nero (Pochodnie Nerona) như một món quà cho thành phố, với dự định thành lập một chi nhánh mới của phòng trưng bày quốc gia tại tòa nhà. Bảo tàng mới đã bầu Władysław Łuszczkiewicz, Hiệu trưởng của Học viện Mỹ thuật làm giám đốc đầu tiên. Bảo tàng là một địa điểm văn hóa lớn kể từ khi mở cửa. Bộ sưu tập nơi đây nhanh chóng tăng lên về số lượng trong thời gian bị ngoại quốc phân chia, với các khoản quyên góp tự phát của các tầng lớp thượng lưu địa phương cũng như từ chính các nghệ sĩ.[1][2]

Đến cuối những năm 1930, bộ sưu tập của bảo tàng lên đến gần 300,000 hiện vật. Danh sách các nhà bảo trợ dài thêm, bao gồm nhiều gia đình quý tộc. Năm 1920, Bảo tàng có được hơn 15,000 hiện vật từ nhà sưu tập Feliks Manggha Jasieński, phù hiệu áo giáp Dołęga.[1] Việc xây dựng Trụ sở mới của Bảo tàng đương đại nằm ở số 3 đường Maja được bắt đầu năm 1934. Toàn bộ hiện vật từ thời cổ đại đến hiện đại đều được chuyển về đây.[3]

Phòng trưng bày đóng cửa không đón khách từ tháng 10 năm 2006 đến năm 2009 cho đợt cải tạo lớn; phần lớn các bộ sưu tập của phòng trưng bày được chuyển về Lâu đài Niepołomice để trưng bày tạm thời.[1] Bảo tàng mở cửa trở lại vào năm 2010 với các thiết bị kỹ thuật mới, phòng lưu trữ, các không gian dịch vụ cũng như cải thiện bố cục theo chủ đề trưng bày, tạo nên một cái nhìn bao quát hơn về nghệ thuật của Ba Lan thời bấy giờ.[1]